Post-doctorant modélisation moléculaire IA F/H

Poste

L'Appel à Manifestation d'Intérêt « Compétences et métiers d'avenir » (CMA) a été lancé dans le cadre du plan national France 2030 dont l'objectif est de préparer la France de demain par des choix d'investissements stratégiques majeurs au service des citoyens et d'une ambition écologique forte pour mieux produire, mieux vivre et mieux comprendre le monde. Il s'agit de rattraper le retard de la France dans certains secteurs historiques et de créer de nouvelles filières porteuses d'avenir. L'AMI CMA vise à répondre aux besoins des entreprises en matière de formations et de compétences nouvelles pour les métiers d'avenir.
L'université de Bordeaux est lauréate de plusieurs projets CMA en fonction d'un secteur éligible du plan France 2030.
Le poste proposé s'inscrit dans la priorité Santé numérique pour le projet CAP Santé numérique.
Coordonné par l'université de Bordeaux et fort d'un consortium composé de SimforHealth, IQVIA, ESEA et d'un soutien de l'écosystème (CHU Bordeaux, Inserm, Inria, ALLIS-NA, pôle ENTER, Région Nouvelle Aquitaine, AFNOR), le projet CAP Santé Numérique a pour ambition de proposer plusieurs dispositifs de formation en santé numérique pour les étudiants et professionnels de santé et médico-sociaux d'une part et pour les étudiants scientifiques et professionnels issus de cursus scientifiques d'autre part.
Ces formations (nouvelles et en articulation avec les dispositifs existants ; initiales et continues) couvriront l'ensemble des besoins du secteur, depuis l'acculturation des apprenants aux compétences de base en santé numérique (données de santé, IA) vers une spécialisation plus pointue (simulation, sciences des données) offrant aux apprenants de nouvelles perspectives d'avenir et des opportunités de reconversion.
Missions :
Ce projet de recherche vise à combiner des simulations moléculaires multi-échelles (tout atome et gros-grains, Martini) avec des approches d'intelligence artificielle afin d'élucider les mécanismes d'agrégation des peptides, notamment la formation de fibres amyloïdes, en présence de membranes de compositions lipidiques variées.
Dans des contextes pathologiques majeurs tels que la maladie d'Alzheimer ou les infections bactériennes résistantes aux antibiotiques, l'agrégation de peptides amyloïdogènes et leur interaction avec les membranes constituent des événements moléculaires déterminants. Malgré les avancées sur la structure des fibrilles amyloïdes, le rôle précis de l'environnement lipidique dans les étapes précoces de l'agrégation, l'insertion membranaire et la toxicité demeure insuffisamment compris.
Le projet développera un process analytique innovant, intégrant l'analyse de trajectoires de simulation par extraction de descripteurs, réduction de dimension, clustering et modélisation prédictive. Cette approche permettra l'élaboration d'un score de risque lipidique assisté par l'IA, visant à prédire la toxicité amyloïde en fonction de la composition membranaire.
Recherche scientifique :
• Vous mettez en oeuvre et analysez des simulations moléculaires multi-échelles (tout atome et gros-grains) de peptides amyloïdogènes en interaction avec des membranes lipidiques
• Vous étudiez les mécanismes d'agrégation peptidique, d'insertion membranaire et les relations entre composition lipidique et toxicité
• Vous développez et appliquez des méthodes d'analyse de trajectoires de simulation
• Vous intégrez des méthodes d'intelligence artificielle et de machine learning pour relier propriétés membranaires, comportements d'agrégation et toxicité
• Vous contribuez à la définition et à la validation d'un score de risque lipidique assisté par l'IA
• Vous participez à la rédaction de publications scientifiques, communications et rapports de projet
Enseignement et formation :
• Vous contribuez au développement de courts modules d'enseignement destinés à des étudiants de licence, master, doctorat et à des chercheurs
• Vous vous appuyez sur les données et résultats du projet pour illustrer : l'apport des simulations moléculaires, la valeur ajoutée de l'IA dans la recherche en santé, l'étude des mécanismes de physiopathologie et l'identification de pistes thérapeutiques
• Vous participez ponctuellement à des actions de formation ou de médiation scientifique
CDD dans le cadre d'un contrat de projet.
Modalités d'évaluation et de contrôle du résultat : Évaluation effectuée par les responsables lors d'entretiens réguliers

Profil

Formation recommandée : Doctorat en modélisation moléculaire, chimie physique, bioinformatique, chimie ou discipline étroitement apparentée
• Expérience en simulations de dynamique moléculaire, avec GROMACS ou des logiciels équivalents
• Solide expertise ou intérêt démontré pour la biophysique des membranes, les interactions protéines–lipides ou la recherche sur les amyloïdes
• Compétences en programmation Python (NumPy, pandas, MDAnalysis, scikit-learn), considérées comme une valeur ajoutée
• Connaissances de base à intermédiaires en apprentissage automatique, notamment en réduction de dimension, clustering ou apprentissage profond
• Forte créativité scientifique, capacité à travailler de manière autonome et collaborative dans un environnement de recherche interdisciplinaire et international
• Compétences en communication en anglais, à l'écrit comme à l'oral
☒ Débutant.e accepté.e
☒ Une 1ère expérience dans le domaine de l'enseignement supérieur ou de la formation serait souhaitable
Plus d'informations :
CDD de projet de 12 mois à pourvoir idéalement à compter du 1/04/2026 au 31/03/2027
Poste basé au sein du Collège Santé - 146 rue Léo Saignat - Bordeaux - Tram A, arrêt "Hôpital Pellegrin", bus, parking dédié au personnel, vélo
Rémunération fixe : 2 751 € brut mensuel selon la grille des chercheurs contractuels
Avantages liés au poste :
• 50 jours de congés annuels dès la première année
• Prise en charge à 75% de l'abonnement aux transports en commun de Gironde
• Participation à la mutuelle à hauteur de 15€ / mois
• Restauration subventionnée
• Des offres loisirs, sport et culture pour tous les personnels
• Forfait "mobilités durables" sur trajet domicile – travail
• Parcours d'accueil et formations
Processus de recrutement : après la période de publication de l'annonce, nous prendrons contact avec les candidats retenus pour un entretien organisé avec le(s) manager(s) et le chargé de recrutement.
Conseil : votre lettre de motivation est lue et nous apporte des éléments complémentaires à votre CV !