Ingénieure Bioinformaticien

Référent bioinformatique de la plateforme protéomique, vous intervenez sur l'ensemble de la chaîne d'analyse par la manipulation de grands jeux de données et contrôle qualité bioinformatique. Ainsi, vous transformez les données de spectrométrie de masse en résultats fiables et reproductibles pour nos projets R&D et nos clients des secteurs cosmétique et agricole. Vos missions consistent à :

• Traiter et analyser les données protéomiques quantitatives (DIA, DDA)
• Développer, améliorer et assurer la maintenance du pipeline interne (Python, R)
• Réaliser les imports et les conversions et préparer les données issues de Spectronaut, DIA-NN ou Proteome Discoverer
• Filtrer, imputer les valeurs manquantes et contrôler la qualité des jeux de données
• Assurer l'enrichissement fonctionnel (STRING, Mercator) et les analyses statistiques (ANOVA, Tukey via R)
• Générer des matrices quantitatives, de visualisations et de réseaux d'interaction protéique (Cytoscape)
• Calculer les scores de claims et produire des livrables scientifiques à destination de nos clients
• Mettre en place des pipelines reproductibles et de bonnes pratiques de data management
• Rédiger des SOPs et de la documentation Qualité
• Assurer une veille technologique et contribuer à l'évolution de la plateforme analytique.

Elysia Bioscience, créée en 2019, est une entreprise en pleine croissance spécialisée en bioinformatique. Nous développons des solutions innovantes d'interprétation des données protéomiques pour accompagner les acteurs de la cosmétique, de la dermatologie, et de l'agriculture (alternatif aux pesticides conventionnels) dans la compréhension des mécanismes biologiques complexes. Pour traiter nos données protéomiques et faire évoluer notre pipeline d'analyse interne, nous créons un poste et recrutons notre futur(e) bioinformaticien f/h, dans un contexte de croissance. Ce que nous vous proposons Structure à taille humaine, vous rejoignez une équipe multidisciplinaire, qui mêle volontiers données scientifiques et rires. Nos relations peuvent se résumer en 3 mots : ouverture d'esprit, fluidité et collectif. Et cela dans un cadre de travail agréable, dans des locaux neufs avec un potager partagé (légumes 100% bio !) . Dans un contexte de croissance, ce poste est à construire. Nous vous accompagnerons pour le faire évoluer en même temps que nos enjeux. Vous souhaitez travailler sur des projets concrets pour les secteurs cosmétique et agricole, participer au développement de notre plateforme d'analyse protéomique, faire évoluer un pipeline bioinformatique utilisé au quotidien par les équipes scientifiques ? Alors faites nous parvenir votre candidature ! Issu d'une formation scientifique de niveau supérieur en bioinformatique, biostatistique, protéomique ou biologie computationnelle, vous justifiez d'une expérience significative en interprétation de données protéomiques. Une expérience en développement de pipelines d'analyse constitue un atout majeur, ainsi qu'en environnement biotech, cosmétique, pharma ou CRO. Vous y avez ainsi acquis la maîtrise de Python pour le traitement et l'analyse de données, des bonnes pratiques de R, notamment pour les analyses statistiques. Vous savez utiliser Git et attestez de bonnes pratiques de développement logiciel. L'anglais scientifique et technique courant est indispensable. Ce qui pourrait faire la différence :

• Des connaissances sur Spectronaut, DIA-NN, MaxQuant, Proteome Discoverer, MSFragger ou logiciels équivalents
• L'utilisation de STRING, Cytoscape, Mercator et outils d'enrichissement fonctionnel
• Des connaissances en statistiques appliquées à l'omique (ANOVA, tests post-hoc).